ffmpeg -i input.mp4 -vf transpose=1 output_1.mp4

0 = 90° против часовой стрелки и вертикальный переворот (по умолчанию)
1 = 90° по часовой стрелке
2 = 90° против часовой стрелки
3 = 90° по часовой стрелке и вертикальный переворот